Во втором сезоне зрители познакомятся с новым членом Клуба Винкс, новыми существами и новым злодеем, а также увидят ещё больше опасных и увлекательных приключений Блум и её друзей. Помимо борьбы со злом девушка продолжает поиски настоящих родителей и информации о прошлом, которое кажется ей всё более запутанным и таинственным. У Блум даже появляется союзник-помощник — профессор Авалон, недавно устроившийся в школу Алфея преподавателем.
Новым членом Клуба Винкс станет Лейла — принцесса с планеты Андрос. Новые существа — это пикси; те же самые феи, только гораздо меньших размеров. Зачастую они становятся личными помощниками полноценных фей и всюду их сопровождают, связанные магическими узами. Каждая героиня Клуба Винкс получит по пикси, однако изначально такое создание есть лишь у Лейлы. Собственно, знакомство с девушкой произойдёт, когда она будет пытаться спасти пикси от рук опасного мага.
Пришла пора узнать и о злодее. Его зовут лорд Даркар: он является поистине могущественным магом, и ему необходимо добыть 4 части волшебного Кодекса для создания Реликса. Он освобождает Трикс и вербует их в свою команду, чтобы они активно ему помогали. Тем более, добыть части Кодекса не так-то просто, поэтому союзники никогда лишними не будут. Одна часть находится в поселении пикси, а три других — в трёх школах Магикса. Лорд Даркар способен на многое — например, он запросто подчиняет волю окружающих себе, и ему не раз удаётся провернуть это с Блум.
Девушки становятся сильнее не только благодаря новым знаниям и постепенно набирающемуся опыту. Дополнительную силу им придаёт Чармикс — более продвинутое и эволюционное трансформировани